Dans sa première phase de vie (2000 à 2008), l'AFIS à organisé son travail autour des processus, en créant des groupes de travail (GT) généralement focalisés sur un ou quelques processus, avec pour objectif de partager les expériences de leur mise en œuvre, d’en améliorer et promouvoir les bonnes pratiques, d’étudier et comparer les méthodes et outils qui sous-tendent leurs activités. Les thèmes transverses et les interactions entre processus traduisant l’aspect systémique de l’IS ont été répartis entre les GT en fonction de leurs thèmes principaux ou ont fait l’objet de coopérations inter-GT.
Cartographie des groupes de travail (GT) de l'AFIS jusqu'à 2008
Les résultat de ces travaux, sous forme de documents validées par le conseil scientifique (référentiels, fiches techniques, guides de bonnes pratiques, documents pédagogiques) sont à disposition des adhérents dans la base de connaissances AFIS.
L'organisation de l'AFIS mise en place en 2009 attribue au CT "processus généraux", les travaux concernant l'approche processus et les processus généraux de l'IS, d'autres CT pouvant traiter d'aspects plus spécifiques (adaptations sectorielles, processus de spécialités...). Elle doit ainsi permettre une approche plus systémique, plus couvrante en termes de processus, plus ouverte sur les autres facettes de l'IS et plus apte à prendre en compte les aspects émergeants.